linuxエンジニアは、linuxの利用について優れた能力を持つ技術者です。
linuxは通信技術に親和性が高い特徴を持ちます。
そのため、インターネット関連の仕事で、そのスキルが活用できます。
インターネット業界が発展するなかで、十分に将来性が見込めます。ただし、これからもlinuxが、サーバーなど通信機器のスタンダードOSであり続けるとは限りません。

linux以外にもライバルが存在し、これまでの安定的なシェアを脅かしつつあります。
linuxが標準であるからと、つい油断してしまうのがデメリットです。
linuxエンジニアは現状に満足することなく、新たに別のOSについても、使いこなすためのノウハウを身につけておいた方がいいでしょう。

基本的にサーバーの設置や管理における作業内容は、それほど大差があるわけではありません。
OS自体に違いがあっても、その上で機能させるソフトウェアは共通というケースがよくあります。
そのため、新たに別のOSのノウハウを吸収するとしても、その修得にあまり時間は掛からないでしょう。
linuxエンジニアは、linuxの操作で培ってきたノウハウが貴重な財産です。
将来のOSのシェアの変化に対応するよう心がけてさえいえれば、デメリットは小さいです。
linuxはインターネット業界では根強い人気があり、完全にそのシェアを他のOSに奪われてしまう事は考え難いです。
それでも今後の仕事で有利なように、幅広いOSを使いこなせるようなればメリットが得られます。